พระวชิรญาณเถระทรงทำทัฬหิกรรม (อุปสมบทซ้ำ) ในคณะสงฆ์รามัญ นับเป็นจุดเริ่มต้นของการปรับปรุงวัตรปฏิบัติของพระสงฆ์สยาม ในพรรษา ๒  ใน พระราชประวัติในรัชกาลที่ ๔ โดยความย่อ ของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ นับวาระนี้ว่าเป็นกาลกำเนิดคณะธรรมยุต

พระวชิรญาณเถระเสด็จจากวัดมหาธาตุไปประทับอยู่วัดสมอราย มีภิกษุถวายตัวเป็นศิษย์ เริ่มสร้างสำนักคณะสงฆ์ที่ได้นามภายหลังว่าธรรมยุติกนิกาย  ในลายพระหัตถ์ฉบับหนึ่งของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส อ้างถึงพระดำรัสของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ว่า ทรงถือว่าเป็นกาลกำเนิดของคณะธรรมยุต

พระวชิรญาณเถระพระชนมายุ ๓๒ พรรษา เสด็จมาอยู่ครองวัดบวรนิเวศวิหาร หลังทรงพระผนวชได้ ๑๒ พรรษา รัชกาลที่ ๓ ทรงสร้าง “พระตำหนักปั้นหย่า” พระราชทาน  สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรสทรงถือวาระนี้ว่าเป็นกาลกำเนิดของคณะธรรมยุต

อัญเชิญพระพุทธชินสีห์ขึ้นสถิตที่มุขหน้าพระอุโบสถวัดบวรนิเวศวิหาร