แม่น้ำโขงบางช่วงแผ่กว้าง บางช่วงหดแคบลง เรือต้องแล่นตามร่องน้ำผ่านเกาะแก่ง ทั้งการขนส่งสินค้าและการท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ 

เกาะแก่ง หาดหิน หาดทราย แปรผันไปในแต่ละฤดู เกิดระบบนิเวศตามการขึ้นลงของแม่น้ำ บริเวณที่โผล่พ้นน้ำเป็นแหล่งวางไข่ของนกและแมลงหลายชนิด ที่เห็นชัดเจนช่วงฤดูแล้ง เช่น บุ่ง คัน หาด ผา เวิน  ช่วงฤดูฝน เช่น คอน น้ำก้อง ซ่ง 

ต้นไคร้น้ำ (Homonoia riparia) ยืนต้นตายหลังแม่น้ำโขงแปรปรวนตลอดทั้งปี ๒๕๖๒ ทั้งความผันผวนของระดับน้ำและปริมาณตะกอนที่ลดลง เมื่อไม่มีดินตะกอนมาทดแทนมากพอ รากก็ลอยและทยอยตายไป เหลือแต่ต้นที่แคระแกร็น ต้นไม้ที่เหลืออยู่ไม่ว่าไคร้น้ำ หญ้าหวีด พลับพลึงธาร ส้มแหนบ นาวน้ำ หว้า หรือพันธุ์พืชท้องถิ่นอื่น ๆ ต่างพยายามต่อสู้กับวิกฤตที่เกิดขึ้น

ตลิ่งแม่น้ำโขงแบ่งเป็น “ตลิ่งระดับบน” กับ “ตลิ่งระดับล่าง” ตลิ่งระดับบนจะเพาะปลูกพืชผลได้ตลอดทั้งปี มีทั้งพืชล้มลุก เช่น ยาสูบ พริก มะเขือเทศ คะน้า ฟักทอง มันแกว  พืชกึ่งยืนต้น เช่น กล้วย และพืชยืนต้นจำพวกไม้ผล ส่วนตลิ่งระดับล่างเน้นเพาะปลูกพืชผักเวลาน้ำโขงลดระดับลง  ผลผลิตที่ได้มีทั้งบริโภคในครัวเรือนและส่งขาย

ตลิ่งริมแม่น้ำโขงทรุดที่บ้านห้วยค้อ ตำบลบ้านม่วง อำเภอสังคม จังหวัดหนองคาย เครือข่ายสภาองค์กรชุมชนลุ่มน้ำโขง ๗ จังหวัดภาคอีสานตั้งข้อสังเกตว่า การกัดเซาะตลิ่งตลอดแม่น้ำโขงรุนแรงขึ้นหลังมีเขื่อนผลิตไฟฟ้าพลังน้ำกั้นแม่น้ำโขง ทำให้การขึ้นลงของน้ำผิดธรรมชาติ มีการขึ้นลงเป็นรายวันหรือรายชั่วโมง ส่งผลต่อการกัดเซาะผิวดินริมตลิ่งจนถล่มลงมา

เขื่อนกันตลิ่งงบประมาณนับหมื่นล้านบาทถูกสร้างป้องกันตลิ่งแม่น้ำโขง เฉพาะปีงบประมาณ ๒๕๖๖ มีโครงการสร้างเขื่อนป้องกันตลิ่งแม่น้ำโขง ๑๗๑ โครงการ รวม ๔,๑๓๗,๐๔๐,๒๐๐ บาท ทั้งหมดดำเนินการโดยกระทรวงมหาดไทย