เทวรูปพระคเณศยืนองค์นี้ เดิมประดิษฐานร่วมกับเทวรูปพระศิวนาฏราชและพระอุมา ในสถานพระอิศวร โบสถ์พราหมณ์ จังหวัดนครศรีธรรมราช ต่อมาทุกองค์ถูกเคลื่อนย้ายมาจัดแสดงในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เมื่อปี ๒๕๑๕ องค์เทวรูปพระคเณศมีสี่กร หัตถ์ขวาบนถือขอช้าง ขวาล่างถืองาหัก ซ้ายบนถือบ่วงบาศ และซ้ายล่างถือขนมโมทกะ

ข้อน่าสนใจเป็นพิเศษคือที่ฐานมีอักษรจารึกทั้งด้านหน้าและด้านหลัง ด้านหน้าเป็นอักษรทมิฬ ภาษาทมิฬ (ในอินเดียตอนใต้) อ่านว่า มะ ชหา ปิ จิ เท ศะ แปลว่า ประเทศอันรุ่งเรืองแห่งมัชหาปิ (ราชวงศ์มัชปาหิตในเกาะชวาภาคตะวันออก) ส่วนด้านหลังจารึกอักษรไทย ภาษาไทย อ่านว่า มหาวิคิเนกสุระ (มหาพิฆเณศวร) กำหนดอายุตามตัวอักษรไทยในจารึกว่าอยู่ในราวพุทธศตวรรษที่ ๒๑-๒๒ ตรงกับสมัยอยุธยาตอนกลาง

ระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เคยเสด็จประพาสเกาะชวาถึงสามครั้ง ครั้งหนึ่งในปี ๒๔๓๙ ผู้สำเร็จราชการเกาะชวา ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งในอาณานิคมอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ ได้น้อมเกล้าฯ ถวายพระพุทธรูป เทวรูป และประติมากรรมหินสลักของโบราณหลายชิ้น หนึ่งในจำนวนนั้นคือเทวรูปพระคเณศ พบที่โบราณสถานจันทิสิงหส่าหรี (Candi Singhasari) ภาคตะวันออกของเกาะชวา หลังจากอัญเชิญมาแล้ว แต่เดิมเคยประดิษฐานในวัดพระศรีรัตนศาสดาราม กรุงเทพฯ ก่อนจะย้ายมาจัดแสดงที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ในเวลาต่อมา

เทวรูปพระคเณศองค์นี้มีอายุในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๙ (ประมาณ ๗๐๐ ปีมาแล้ว) ลักษณะพิเศษของประติมากรรมพระคเณศในศิลปะชวาภาคตะวันออกคือนิยมทำรูปกะโหลกศีรษะเป็นเครื่องประดับ ถือกะโหลกในหัตถ์ รวมถึงประดับรูปกะโหลกรอบบัลลังก์ที่ประทับ

พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๖ ทรงสนพระราชหฤทัยและมีพระราชศรัทธาในพระคเณศเป็นพิเศษ เช่นเมื่อทรงตั้งวรรณคดีสโมสรขึ้นในปี ๒๔๕๗ โปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระราชลัญจกรขึ้นใหม่อีกองค์หนึ่ง เป็นรูปพระคเณศ พระราชทานแก่วรรณคดีสโมสร รวมทั้งยังทรงพระราชนิพนธ์บทละครเบิกโรงดึกดำบรรพ์เรื่อง พระคเณศร์เสียงา อันเป็นตำนานตามปกรณัมฮินดูว่าด้วยเหตุที่พระคเณศจะมีงาหักข้างหนึ่ง นอกจากนั้น ณ พระราชวังสนามจันทร์ที่ประทับในเมืองนครปฐม ยังโปรดเกล้าฯ ให้สร้าง “เทวาลัยคเณศร์” เป็นศาลเทพารักษ์ประจำพระราชวัง ณ ตำแหน่งศูนย์กลางพระราชวังสนามจันทร์

พระคเณศองค์นี้ประดิษฐานในซุ้มด้านบนของเทวาลัย มีสองกร หัตถ์ขวาถือเชือกบ่วงบาศ หัตถ์ซ้ายถือถ้วย จนถึงขณะนี้ยังค้นไม่พบว่าเป็นผลงานการปั้นหล่อของท่านผู้ใด มีเพียงเอกสารว่าทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งการพระราชพิธีบวงสรวงสังเวย และทรงจับสายสูตรเปิดผ้าคลุมเทวรูปพระคเณศ เมื่อวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ ๒๔๖๑

ในวันที่ ๑๓ ตุลาคม ๒๔๘๐ กรมศิลปากรได้รับอนุญาตให้ใช้ตราประจำกรมแบบใหม่เป็นรูปพระคเณศ แทนพระราชลัญจกรมังกรคาบแก้วที่ใช้มาตั้งแต่ปี ๒๔๗๖ ต้นแบบของพระคเณศองค์นี้คือพระราชลัญจกร พระคเณศร์ของวรรณคดีสโมสรยุครัชกาลที่ ๖ ซึ่ง “เปนรูปพระคเณศร์นั่งแท่น แวดล้อมด้วยลายกนก สรวมสังวาลนาค หัดถ์ขวาเบื้องบนถือวชิระ เบื้องล่างถืองา หัดถ์ซ้ายเบื้องบนถือบ่วงบาศ เบื้องล่างถือครอบน้ำ” อันเป็นการดัดแปลงจากเทวรูปพระคเณศ ศิลปะชวา องค์ที่ได้รับมาในสมัยรัชกาลที่ ๕ นั่นเอง แต่เปลี่ยนเทพอาวุธจากขอช้างเป็นวชิระ อันเป็นพระราชลัญจกรและพระนามาภิไธยเดิมของรัชกาลที่ ๖ คือสมเด็จฯ เจ้าฟ้ามหาวชิราวุธ (วชิระ+อาวุธ) พร้อมกับเปลี่ยนถ้วยหัวกะโหลกที่อาจดูน่ากลัวเกินไป ให้กลายเป็น “ครอบน้ำ” คือบาตรน้ำมนต์แทน ดังนั้นพระคเณศที่ใช้เป็นตราประจำกรมศิลปากรจึงมีวชิระในหัตถ์ขวาบน

นอกจากนั้นแล้วยังมีการเพิ่มเติมรายละเอียดบนขอบวงกลมรอบภาพพระพิฆเนศวรสี่กร เป็นลวดลายดวงแก้วเจ็ดดวง หมายถึงศิลปวิทยาทั้งเจ็ดแขนง ตามภาระงานของกรมศิลปากรขณะนั้น ได้แก่ ช่างปั้น จิตรกรรม ดุริยางคศิลป์ นาฏศิลป์ วาทศิลป์ สถาปัตยกรรม และอักษรศาสตร์ ผู้ออกแบบเข้าใจว่าตราพระคเณศประจำกรมศิลปากรคือพระพรหมพิจิตร (พรหม พรหมพิจิตร)

ตราพระคเณศในวงกลมเช่นนี้พบเห็นได้ทั่วไปตามอาคารสถานที่ต่าง ๆ ของกรมศิลปากร (เช่นอาคารเดิมของวิทยาลัยนาฏศิลป์ ในภาพ) รวมถึงบนหน้าปกหนังสือที่จัดพิมพ์ขึ้นโดยกรมศิลปากร

ในเดือนตุลาคม ๒๔๘๐ กรมศิลปากรเปลี่ยนมาใช้ตราประจำกรมเป็นรูปพระคเณศ จากนั้นเมื่อถึงงานฉลองรัฐธรรมนูญในเดือนธันวาคม ๒๔๘๐ จึงมีการปั้นหล่อรูปพระคเณศองค์ใหญ่ ทำด้วยปูนปลาสเตอร์

ตามรูปแบบของตราใหม่ ตั้งไว้ตรงกลางร้านกรมศิลปากร เพื่อสร้างความรับรู้ให้แก่สาธารณชน

ประติมากรรมชิ้นนั้นคงจัดการหล่อขึ้นใหม่ด้วยคอนกรีต แล้วนำมาประดิษฐานด้านหน้าอาคารโรงเรียนศิลปากร แผนกนาฏดุริยางค์ (ต่อมาคือวิทยาลัยนาฏศิลป์) ซึ่งเพิ่งสร้างเสร็จและมีพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๑ มิถุนายน ๒๔๘๑

พระคเณศองค์นี้กล่าวกันว่าเป็นผลงานการออกแบบของศาสตราจารย์ศิลป์ พีระศรี (คอร์ราโด เฟโรจี) และปั้นหล่อโดยลูกศิษย์รุ่นแรก ๆ ในกรมศิลปากร เนื่องจากเป็นที่เคารพสักการะกันอย่างยิ่งในหมู่ครูอาจารย์ นักเรียน และข้าราชการกรมศิลปากร จึงได้รับการจำลองแบบไปสร้างขึ้นตามวิทยาลัยนาฏศิลป์ทั่วประเทศ

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๙ พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ เสด็จฯ ไปทรงเปิดโรงละครแห่งชาติในเดือนธันวาคม ๒๕๐๘

ในซุ้มบนหน้าบันด้านทิศเหนือ หรือด้านหน้าโรงละครแห่งชาติ มีรูปพระคเณศหล่อด้วยซีเมนต์ มีลักษณะทำนองเดียวกับตราประจำกรมศิลปากร คือมีสี่กร พระหัตถ์ขวาบนทรงวัชระหรือวชิราวุธ พระหัตถ์ขวาล่างทรงถืองาข้างที่หัก พระหัตถ์ซ้ายบนถือเชือกบ่วงบาศ และพระหัตถ์ซ้ายล่าง
ถือถ้วยหัวกะโหลก  พระคเณศองค์นี้ออกแบบโดยนายอิสสระ วิวัฒนานนท์ สถาปนิกกรมศิลปากร ผู้ออกแบบโรงละครแห่งชาติ และปั้นโดยอาจารย์เสวตเทศน์ธรรม อดีตอาจารย์ประจำคณะมัณฑนศิลป์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

ตามประวัติว่าแต่แรกออกแบบให้พระคเณศประทับบนแท่นล้อมด้วยหัวกะโหลกตามต้นแบบ คือเทวรูปพระคเณศ ศิลปะชวา ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ แต่ต่อมามีผู้ให้ความเห็นว่าแลดูน่ากลัวเกินไป จึงแก้ไขให้ประทับอยู่บนฐานเรียบ ๆ ภายหลังเมื่อมีการบูรณะโรงละครแห่งชาติครั้งล่าสุด จึงเปลี่ยนกลับให้มีรูปหัวกะโหลกประดับรอบแท่นฐานตามต้นแบบอีกครั้ง