นายแพทย์อดุลย์ชัย ธรรมาแสงเสริฐ จากเพจหมอเฉพาะทางบาทเดียว กล่าวว่า ในทางการแพทย์แบ่งจุลินทรีย์ดีหรือโพรไบโอติกที่ปลอดภัยต่อร่างกายเป็นสามกลุ่มคือ แล็กโทบาซิลลัส ไบฟิโดแบคทีเรียม และแซ็กคาโรมาซิส (ยีสต์) หากร่างกายมีจุลินทรีย์สามชนิดนี้ก็เพียงพอจะต่อสู้เชื้อโรคได้ (จุลินทรีย์ร้าย) 

โพรไบโอติกแต่ละชนิดให้ผลดีต่อสุขภาพต่างกัน เช่น จุลินทรีย์ไบฟิโดแบคทีเรียม ช่วยการทำงานของลำไส้ ป้องกันมะเร็ง เปลี่ยนน้ำตาลโพลีแซ็กคาไรด์ให้เป็นน้ำตาลซึ่งเป็นอาหารของโพรไบโอติก กลายเป็นพรีไอโบติก (สารอาหาร
ของโพรไบโอติก) เรียกซิมไบโอติก (symbiotic) คือเป็นทั้งผู้สร้างอาหารให้จุลินทรีย์อื่นและตัวเองก็เป็นโพรไบโอติกด้วย 

แซ็กคาโรมาซิสซึ่งสกัดจากลิ้นจี่และเปลือกมังคุด ช่วยรักษาอาการท้องเสีย โรคท้องเสียเรื้อรัง ป้องกันมะเร็งลำไส้ และการติดเชื้อหรือรักษาการติดเชื้อในช่องคลอดได้  ส่วนจุลินทรีย์แล็กโทบาซิลลัสชนิด L. acidophilus แก้เรื่องผื่นผิวหนัง โรคปวดท้องหาสาเหตุไม่ได้ ท้องผูกสลับท้องเสียเนื่องจากติดเชื้อในกระเพาะอาหาร การอักเสบของหลอดเลือดหัวใจ  จุลินทรีย์แล็กโทบาซิลลัสชนิด L. casei ที่มีอยู่ในยาคูลท์ช่วยการทำงานของสมอง เป็นต้น

ปัจจุบันมีโพรไบโอติกสำเร็จรูปวางจำหน่ายมากมาย ทั้งแบบเม็ด น้ำ และผง สิ่งที่ต้องคำนึงถึงก่อนซื้อคือเมื่อเข้าสู่ระบบย่อยอาหารแล้ว โพรไบโอติกสำเร็จรูปจะฝ่าด่านสภาพแวดล้อมในลำไส้ที่มีทั้งกรดในกระเพาะ น้ำดีในลำไส้เล็ก แล้วมีชีวิตรอดไปสู่ปลายทางที่ลำไส้ใหญ่ซึ่งเป็นศูนย์รวมชุมชนจุลินทรีย์ได้หรือไม่ 

ดังนั้นหากจะกินโพรไบโอติกสำเร็จรูป แคปซูลที่บรรจุต้องทนกรดในกระเพาะอย่างน้อย ๔๐ นาที และใช้เวลาอีก ๓ ชั่วโมงเพื่อเดินทางไปยังลำไส้เล็กส่วนปลายที่ติดกับลำไส้ใหญ่

กระบวนการผลิตโพรไบโอติกสำเร็จรูปที่ถือว่ามีประสิทธิภาพที่สุดในปัจจุบันคือนำมาอัดเป็นเม็ดเล็ก ๆ แล้วเคลือบด้วยสารเคลือบขนาดเล็ก ๑๐๐ ไมครอน เรียกว่า microencapsulation อาจบรรจุในแคปซูลหรือในซองก็ได้ อย่างไรก็ตามกระบวนการนี้ยังไม่แพร่หลายนัก

การตรวจสอบแบบง่าย ๆ ว่าโพรไบโอติกที่เราซื้อผ่านกระบวนการดังกล่าวหรือไม่ คือเทผงหรือเม็ดโพรไบโอติกในซองหรือแคปซูลใส่น้ำ หากละลายภายใน ๓๐ นาที ถือว่าไม่ใช่โพรไบโอติกที่ผ่านกระบวนการนี้ และจะไม่สามารถมีชีวิตอยู่รอดจนไปถึงลำไส้ใหญ่

ผู้เชี่ยวชาญจึงมักแนะนำให้กินอาหารที่มีโพรไบโอติกธรรมชาติซึ่งมีอยู่ในอาหารประจำวัน ในลักษณะกินอาหารเป็นยา โดยไม่ต้องกังวลว่าอาหารที่มีโพรไบโอติกนั้นจะเดินทางไปถึงลำไส้ใหญ่ได้มากน้อยเพียงใด เพราะโดยตัวอาหารก็มีประโยชน์ต่อร่างกายอยู่แล้ว 

โพรไบโอติกธรรมชาติมักมีในอาหารหมักดอง ผัก ผลไม้ และถั่วต่าง ๆ เช่น ถั่วเน่าของภาคเหนือ กิมจิของเกาหลี นัตโตะของญี่ปุ่น โยเกิร์ต คอมบูชา (ชาหมัก) นอกจากนี้อาหารประเภทผักดองมักมีสาร ILA (IPA) ที่ร่างกายสามารถเปลี่ยนเป็นสารต้านอนุมูลอิสระที่ช่วยกำจัดอนุมูลอิสระซึ่งเป็นอันตรายได้  ส่วนอาหารพรีไบโอติก ซึ่งเป็นอาหารของโพรไบโอติกคือ น้ำตาล กล้วย ถั่ว หัวหอม อาร์ติโชก หน่อไม้ฝรั่ง

สำหรับอาหารที่เป็นพิษต่อจุลินทรีย์ดีในลำไส้ ประกอบด้วยของทอดและยาปฏิชีวนะที่เรากินในวาระต่าง ๆ ซึ่งสามารถฆ่าจุลินทรีย์ทั้งดีและร้าย บางชนิดเมื่อถูกฆ่าแล้วอาจจะไม่กลับมาอีกเลย  งานวิจัยล่าสุดจากการเก็บตัวอย่างอุจจาระของคนทั่วโลกพบว่า ยาปฏิชีวนะเป็นเหตุให้จุลินทรีย์ดีในลำไส้ของมนุษย์สูญพันธุ์ครั้งใหญ่