สภาพน้ำใสและเป็นกรดอ่อน ๆ ไม่มีพืชพันธุ์ต่างถิ่นเข้ามารบกวน มีเพียงพืชน้ำจืดพื้นเมืองอย่างบัวเผื่อน-บัวผัน (Nymphaea nouchali) และจูดหนู (Eleocharis ochrostachys) ช่วยยืนยันสภาพความจืดของน้ำตามธรรมชาติในบริเวณนี้ได้อย่างดี  การมีโกงกางใบเล็ก (Rhizophora apiculata) ยืนต้นอยู่ด้วยเป็นเสมือนหลักฐานให้เราลืมภาพจำและความรู้เดิม ๆ ว่าโกงกางต้องขึ้นอยู่ใกล้ทะเล 

บริเวณนี้อาจเรียกได้ว่าเป็นป่าชายเลนน้ำจืด เพราะประกอบด้วยชนิดพันธุ์ป่าชายเลน เช่น โกงกาง ฝาดขาว (Lumnitzera racemosa) ผสมกับพืชน้ำจืด เช่น บัวเผื่อน จูดในทางพฤกษศาสตร์พืชพันธุ์ป่าชายเลนเกือบทั้งหมดเป็นพืชทนเค็มที่เลือกได้ (facultative halophytes) มากกว่าพืชทนเค็มที่บังคับ (obligate halophytes) ซึ่งหมายความว่าพวกมันไม่จำเป็นต้องอยู่ในน้ำเค็ม  สังคมพืชชนิดนี้ยังรู้จักกันน้อยมาก

ระบบนิเวศแบบโกงกางน้ำจืดแห่งทะเลสาบสงขลาอาจดำรงอยู่อีกไม่นาน ด้วยผลกระทบจากกฎหมายภาษีที่ดินทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงสภาพพื้นที่ธรรมชาติรอบทะเลสาบสงขลา เพื่อปลูกพืชเศรษฐกิจ เช่น ปาล์มน้ำมัน รวมถึงโครงการของรัฐในการก่อสร้างประตูน้ำและคลองระบายน้ำเพื่อป้องกันน้ำท่วมคาบสมุทรสทิงพระ อาจส่งผลต่อระดับน้ำในทะเลสาบและค่าความเค็มของน้ำที่สูงขึ้นหลายเท่า  วิวัฒนาการที่ดำเนินมายาวนานหลายล้านปีกำลังถูกมนุษย์ทำลายล้างในชั่วพริบตา