พรรณไม้น้ำ (aquatic plant) มีตั้งแต่พืชขนาดเล็กมองไม่เห็นด้วยตาเปล่าไปจนถึงพืชขนาดใหญ่ บางชนิดจมอยู่ใต้น้ำตลอดเวลา บางชนิดมีบางส่วนโผล่ขึ้นสู่ผิวน้ำ บางชนิดลอยอยู่ตามผิวน้ำ

สาหร่ายหางกระรอกหลากสีสัน พืชใต้น้ำวิวัฒนาการให้มีเนื้อเยื่อและใบบางใส อ่อนนิ่ม และยืดหยุ่น เพื่อเอื้อต่อการแลกเปลี่ยนก๊าซในน้ำได้ง่ายและช่วยลดแรงต้านกระแสน้ำ

ฟองอากาศเกาะตามพืชใต้น้ำมาจากการสังเคราะห์แสงของพืช ซึ่งมีส่วนช่วยเพิ่มปริมาณออกซิเจนให้พืชและสัตว์น้ำใช้หายใจ

แล้วทันใดวัตถุทรงกลมใสแปลกประหลาดก็ลอยจากพื้นล่างผ่านหน้าเลยขึ้นไปบนผิวน้ำ ลูกหนึ่งตรงนี้ อีกลูกตรงนั้น แล้วก็ตรงโน้น... ถ้าอยู่บนฟ้าเราคงชี้ว่า “นั่นยานมนุษย์ต่างดาว”

ตั้งสติค่อยคิดได้ว่าไม่ใช่ เพราะมันคือฟองก๊าซออกซิเจน

เป็นก๊าซที่เมื่อพืชสังเคราะห์แสงจะคายออกมาทางปากใบ บนบกก๊าซออกซิเจนจากพืชจะละลายหายไปในอากาศที่เรามองไม่เห็น แต่เมื่ออยู่ใต้น้ำ ก๊าซออกซิเจนจะแยกตัวจากมวลน้ำเป็นฟองกลมใส

ข้อมูลจากนักวิชาการบอกว่าช่วงก่อนจะถึงฤดูน้ำหลากนี้ น้ำในทุ่งปากพลีมาจากน้ำใต้ดินซึ่งสะสมอยู่ใต้สันทรายโบราณ ด้วยบริเวณนี้ในยุคอดีตเคยเป็นชายฝั่งทะเลมาก่อน น้ำจึงใสเพราะผ่านการกรองจากชั้นทรายใต้ดินออกมาเนืองนองตามบริเวณที่ต่ำ และสภาพน้ำที่เป็นกรดอ่อน ๆ ทำให้มีไนเตรตธาตุอาหารของพืชน้อย พืชพื้นเมืองที่อยู่ได้ในสภาวะแบบนี้ เช่น บัวเผื่อน-บัวผัน (Nymphaea nouchali), จูดหนู (Eleocharis ochrostachys) รวมทั้งหญ้าตาปู, สาหร่ายข้าวเหนียว (Utricularia aurea) ซึ่งเป็นพืชกินสัตว์ ทั้งหมดนี้ล้วนเป็นพืชกลุ่มเดียวกันกับที่พบตามพื้นที่สันทรายชายฝั่งทะเลแถบภาคใต้ 

พืชใต้น้ำช่วยกรองสารแขวนลอย ชะลอกระแสน้ำ ทำให้การฟุ้งกระจายของตะกอนใต้น้ำลดลง

ความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ อย่างปลาซิว ตัวบนซิวสมพงษ์ ตัวกลางซิวกระโดงแดง และสองตัวล่างซิวหางแดง  ซิวสมพงษ์เป็นพันธุ์ปลาหายากและใกล้สูญพันธุ์ พบเหลืออยู่เพียงแห่งเดียวที่ทุ่งปากพลี มันพึ่งพาระบบนิเวศของที่นี่เป็นแหล่งผสมพันธุ์วางไข่ 

เทียนนาหรือเทียนน้ำ (Hydrocera triflora) พืชล้มลุกในทุ่งนา ช่วยยึดเกาะหน้าดินตามริมตลิ่ง

ในเวลาน้ำหลาก ทุ่งปากพลีช่วยลดพลังงานจลน์ของน้ำตามธรรมชาติ และเป็นแหล่งผสมพันธุ์วางไข่ของสัตว์น้ำหลายชนิด