พระวชิรญาณเถระทรงทำทัฬหิกรรม (อุปสมบทซ้ำ) ในคณะสงฆ์รามัญ นับเป็นจุดเริ่มต้นของการปรับปรุงวัตรปฏิบัติของพระสงฆ์สยาม ในพรรษา ๒  ใน พระราชประวัติในรัชกาลที่ ๔ โดยความย่อ ของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ นับวาระนี้ว่าเป็นกาลกำเนิดคณะธรรมยุต

พระวชิรญาณเถระเสด็จจากวัดมหาธาตุไปประทับอยู่วัดสมอราย มีภิกษุถวายตัวเป็นศิษย์ เริ่มสร้างสำนักคณะสงฆ์ที่ได้นามภายหลังว่าธรรมยุติกนิกาย  ในลายพระหัตถ์ฉบับหนึ่งของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส อ้างถึงพระดำรัสของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ว่า ทรงถือว่าเป็นกาลกำเนิดของคณะธรรมยุต

พระวชิรญาณเถระพระชนมายุ ๓๒ พรรษา เสด็จมาอยู่ครองวัดบวรนิเวศวิหาร หลังทรงพระผนวชได้ ๑๒ พรรษา รัชกาลที่ ๓ ทรงสร้าง “พระตำหนักปั้นหย่า” พระราชทาน  สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรสทรงถือวาระนี้ว่าเป็นกาลกำเนิดของคณะธรรมยุต

อัญเชิญพระพุทธชินสีห์ขึ้นสถิตที่มุขหน้าพระอุโบสถวัดบวรนิเวศวิหาร 

รัชกาลที่ ๓ มีพระราชกระแสรับสั่งถึงวชิรญาณภิกขุในช่วงที่ทรงพระประชวร ตามที่ปรากฏในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๓ ฉบับเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ตอนหนึ่งว่า “ท่านเจ้าฟ้าใหญ่ถืออย่างมอญ ถ้าเป็นเจ้าแผ่นดินขึ้น ก็จะให้พระสงฆ์ห่มผ้าอย่างมอญเสียหมดทั้งแผ่นดินดอกกระมัง”  เจ้าฟ้ามงกุฎ พระอนุชาได้ทราบกระแสดังนั้นแล้วก็รับสั่งให้พระสงฆ์ธรรมยุตและพระองค์ทรงครองผ้าเสียใหม่อย่างสงฆ์มหานิกาย  คณะธรรมยุติกนิกายจึงได้ห่มหนีบอย่างมหานิกายตั้งแต่นั้นมา

รัชกาลที่ ๓ สวรรคต พระวชิรญาณเถระลาสิกขา เสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติเป็นพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ หลังทรงพระผนวช ๒๗ พรรษา ครองวัดบวรนิเวศวิหาร ๑๔ ปี ๘๖ วัน  เมื่อลาสิกขาทรงโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์เป็นเจ้าคณะใหญ่ในธรรมยุตติกาแทนพระองค์ 

สร้างวัดศรีทองที่จังหวัดอุบลราชธานี เป็นวัดธรรมยุตแห่งที่ ๒

พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล นำพระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต จากวัดเลียบ ในตัวเมืองอุบลราชธานี ธุดงค์มาฝึกวิปัสสนาอยู่บนภูหล่น ในเขตอำเภอศรีเมืองใหม่ อยู่ราว ๕ พรรษา นับเป็นปฐมวิปัสสนาของท่านพระอาจารย์ใหญ่ทั้งสอง ที่นับเป็นจุดเริ่มต้นของสายพระป่า

พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล พระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต พระครูทา โชติปาลเถระ เดินทางมาจำพรรษาที่วัดสระพัง แนะนำให้ชาวบ้านอาราธนาพระครูวิโรจน์รัตโนบล (บุญรอด นนฺตโร) มาบูรณะพระธาตุพนม

พระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีโล พระอาจารย์หนู ฐิตปญฺโญ สองสหธรรมมิก ธุดงค์ไปนครพนมครั้งแรก  ตอนกลับมีพระจันทร์ เขมิโย (ต่อมาคือพระเทพสิทธาจารย์) สามเณรจูม พนฺธุโล (ต่อมาคือพระธรรมเจดีย์) ติดตามกลับมาเป็นศิษย์ที่วัดเลียบ ซึ่งกลายเป็นกำลังสำคัญของธรรมยุตในอีสานต่อมา

พระอาจารย์สิงห์ ขนฺตยาคโม จัดพระอาจารย์ฝ่ายกัมมัฏฐานหลายรูป กับพระเณรอีกราว ๓๐ รูป แยกย้ายกันไปจำพรรษาตามสำนักต่าง ๆ สั่งสอนพุทธบริษัทให้ละมิจฉาทิฏฐิ เลิกนับถือผี หันมาตั้งอยู่ในไตรสรณคมน์ ซึ่งต่อมาได้นิยมปฏิบัติกัมมัฏฐานกันแพร่หลายกว้างขวาง เป็นจุดเริ่มต้นของกองทัพธรรมพระป่าสายพระอาจารย์มั่น

สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ (อ้วน ติสฺโส) เจ้าคณะมณฑลนครราชสีมา เห็นความสำคัญของงานวิปัสสนาธุระ มีบัญชาให้พระกัมมัฏฐานในจังหวัดขอนแก่นไปเผยแผ่สั่งสอนประชาชนที่โคราช พระอาจารย์สิงห์ ขนฺตยาคโม สร้างวัดป่าสาลวันขึ้นเป็นศูนย์กลางการเผยแผ่กัมมัฏฐานแบบธรรมยุตในนครราชสีมา

สมเด็จพระมหาวีรวงศ์อาพาธหนัก  พระอาจารย์ฝั้น อาจาโร ใช้วิปัสสนากัมมัฏฐานเป็นธรรมโอสถรักษาจนหาย อยู่ได้ตลอดพรรษา และดำรงธาตุขันธ์ต่อมาได้อีกกว่า ๑๐ ปี  เป็นจุดเปลี่ยนที่ทำให้สมเด็จฯ หันมาปฏิบัติกัมมัฏฐาน และให้การสนับสนุนพระป่ารุ่งเรืองสืบมา

วาระครบรอบ ๒๐๐ ปี พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระผนวช ซึ่งพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนราธิปประพันธ์พงศ์ถือเป็นวาระกาลกำเนิดคณะธรรมยุตเมื่อปี
๒๓๖๗